為了保證試驗(yàn)的特異性和敏感性，無論是顆粒性抗原、組織提取物、多肽抗原、重組抗原都必須純化，否則容易產(chǎn)生非特異性反應(yīng)。在應(yīng)用標(biāo)記免疫分析中，可引起本底數(shù)值的增高，極大地影響試驗(yàn)的準(zhǔn)確性。在檢測(cè)自身抗體時(shí)，許多抗原是用組織提取物，更應(yīng)注意抗原的純化問題。由于不同組織、器官間可存在相同抗原成分，使得同一自身免疫病，可檢出幾種不同自身抗體，同一自身抗體又可出現(xiàn)在不同自身免疫病中，這就影響了檢驗(yàn)的特異性。因此提示我們，關(guān)于這方面特異性抗原的提取、純化和合成，還有許多工作要做，是一項(xiàng)任重道遠(yuǎn)的任務(wù)。還必須指出，無論檢測(cè)哪一種抗體，所用抗原的片段或成分的不同，都可影響其特異性及敏感性。因此采用一種新抗原時(shí)，需要進(jìn)行嚴(yán)格對(duì)照，方可確定其應(yīng)用價(jià)值。
    必須明確，不同的檢測(cè)方法，靈敏度、準(zhǔn)確性、重復(fù)性并不完全相同，加上試劑盒質(zhì)量不一，都影響到試驗(yàn)結(jié)果。在應(yīng)用或建立一個(gè)方法時(shí)，檢測(cè)系統(tǒng)中所有成分的濃度必須經(jīng)過嚴(yán)格滴定，選擇*恰當(dāng)?shù)臐舛确秶�。例如酶�?lián)免疫吸附試驗(yàn)(ELISA)，抗原及酶結(jié)合物濃度低，最后吸光度值太小，易出現(xiàn)假陰性，如濃度太高，吸光度值偏大，甚至移到標(biāo)準(zhǔn)曲線的平臺(tái)，即處于不敏感的范圍便會(huì)明顯影響結(jié)果的可靠性。
    抗體有保護(hù)性抗體，非保護(hù)性抗體之分，有些抗體的水平達(dá)到高峰后旋即下降乃至消失，有些抗體可長(zhǎng)期存在直至終身。如乙肝核心抗體(抗-HBc)，陽性率可高達(dá)70%左右，臨床醫(yī)生常因此產(chǎn)生困惑。其實(shí)這是抗-HBc的總抗體，可能長(zhǎng)期存在。如其滴度低，即為既往感染過乙肝，有流行病學(xué)意義，高滴度才有臨床診斷意義。再如自身抗體測(cè)定中，少數(shù)正常人也存在有少量自身抗體，它不僅對(duì)機(jī)體無害，而且能幫助機(jī)體清除衰老及變質(zhì)的細(xì)胞對(duì)機(jī)體有利。另外，在臨床診斷中，須針對(duì)不同發(fā)病機(jī)理檢測(cè)相應(yīng)抗體，如I型超敏反應(yīng)應(yīng)檢測(cè)IgE，而在Ⅱ型超敏反應(yīng)主要測(cè)IgG、IgM型抗體，又如鼻咽癌患者查的是EB病毒殼膜抗原-IgA(IgA/VCA抗體)。另外抗體測(cè)定和其他檢驗(yàn)一樣，存在著假陽性、假陰性的問題，可能由于方法學(xué)的不完善引起，或者由于機(jī)體反應(yīng)性的不同所致，在解釋結(jié)果時(shí)務(wù)必注意。