為了保證試驗的特異性和敏感性，無論是顆粒性抗原、組織提取物、多肽抗原、重組抗原都必須純化，否則容易產生非特異性反應。在應用標記免疫分析中，可引起本底數值的增高，極大地影響試驗的準確性。在檢測自身抗體時，許多抗原是用組織提取物，更應注意抗原的純化問題。由于不同組織、器官間可存在相同抗原成分，使得同一自身免疫病，可檢出幾種不同自身抗體，同一自身抗體又可出現在不同自身免疫病中，這就影響了檢驗的特異性。因此提示我們，關于這方面特異性抗原的提取、純化和合成，還有許多工作要做，是一項任重道遠的任務。還必須指出，無論檢測哪一種抗體，所用抗原的片段或成分的不同，都可影響其特異性及敏感性。因此采用一種新抗原時，需要進行嚴格對照，方可確定其應用價值。
    必須明確，不同的檢測方法，靈敏度、準確性、重復性并不完全相同，加上試劑盒質量不一，都影響到試驗結果。在應用或建立一個方法時，檢測系統中所有成分的濃度必須經過嚴格滴定，選擇*恰當的濃度范圍。例如酶聯免疫吸附試驗(ELISA)，抗原及酶結合物濃度低，最后吸光度值太小，易出現假陰性，如濃度太高，吸光度值偏大，甚至移到標準曲線的平臺，即處于不敏感的范圍便會明顯影響結果的可靠性。
    抗體有保護性抗體，非保護性抗體之分，有些抗體的水平達到高峰后旋即下降乃至消失，有些抗體可長期存在直至終身。如乙肝核心抗體(抗-HBc)，陽性率可高達70%左右，臨床醫生常因此產生困惑。其實這是抗-HBc的總抗體，可能長期存在。如其滴度低，即為既往感染過乙肝，有流行病學意義，高滴度才有臨床診斷意義。再如自身抗體測定中，少數正常人也存在有少量自身抗體，它不僅對機體無害，而且能幫助機體清除衰老及變質的細胞對機體有利。另外，在臨床診斷中，須針對不同發病機理檢測相應抗體，如I型超敏反應應檢測IgE，而在Ⅱ型超敏反應主要測IgG、IgM型抗體，又如鼻咽癌患者查的是EB病毒殼膜抗原-IgA(IgA/VCA抗體)。另外抗體測定和其他檢驗一樣，存在著假陽性、假陰性的問題，可能由于方法學的不完善引起，或者由于機體反應性的不同所致，在解釋結果時務必注意。